In alcuni organismi inferiori esistono
sistemi di ricombinazione sequenza-specifica. Un esempio è presente
nel fago P1, il quale si serve di una ricombinazione di questo tipo per
depolimerizzare i concatenameri del suo genoma quando si replica nei batteri.
Il sistema si basa su due elementi fondamentali: Cre, un'enzima
ricombinasi e Lox, una sequenza agli estremi del genoma del fago.
Cre riconosce in maniera specifica Lox ed ha bisogno di 2 sequenze Lox
per fare avvenire la ricombinazione.
è possibile creare un topo transgenico avente il gene Cre e uno
avente 2 sequenza Lox agli estremi di un gene che vogilamo analizzare.
Incrociando questi due topi si ottiene una progenie cnockout per il gene
di studio. Un problema potrebbe sorgere dal fatto che per alcuni geni
il topo potrebbe morire ancor prima di nascere. Una soluzione è
quella di mettere a monte del gene di interesse un promotore cellula-specifico
in maniera tale che inattivi il gene soltanto in determinati tessuti,
senza portare a morte il topo. Una seconda strategia è quella di
utilizzare promotori inducibili (ad esempio da un ormone), per poter decidere
in che stadio dello sviluppo fare attivare il transgene.